O início da década de 1990 para a Acaps foi marcado pela gestão de João Vieira Andrade (1989 – 1992), que trabalhou para integrar cada vez mais os pequenos, médios e grandes empresários do setor. Nacionalmente, a atividade ganhava com a ampliação da automação, mas também se viu obrigada a se reorganizar para competir com o mundo globalizado, uma vez que o número de fusões e aquisições no setor crescia. Um outro acontecimento importante do período foi o surgimento do Código de Defesa do Consumidor, contribuindo para valorizar a figura do cliente.

Entre 1993 e 1994 foi a vez de Paulino Mansk conduzir a Associação. Além de atuar no fortalecimento da marca da Acaps, ele expandiu as ações da entidade para o interior do Estado e a aproximou de órgãos como o Procon, a Assembleia Legislativa e Câmara Municipal de Vitória. Com a chegada das redes supermercadistas de fora incentivou os empresários capixabas a se movimentarem para se tornarem competitivos diante dos concorrentes.

Foi nessa época também que houve um marco importante para o setor: o nascimento da Central de Compras no Espírito Santo, a primeira central de negócios supermercadista do Brasil.

Cezar Augusto Roncetti geriu a Acaps em seguida, indo até 1997. Com o objetivo de atingir um número cada vez maior de associados, investiu na informação para os empresários do setor ao intensificar as palestras. Cezar Roncetti também enfatizou a importância da tecnologia para o crescimento dos negócios, da necessidade de ter uma entidade cada vez mais profissionalizada e de fortalecer a parceria com os fornecedores.

Com o Plano Real e a estabilidade da economia, o setor passou a buscar o ganho operacional, com controle de custos e de estoque e maior atenção à precificação e negociação.

Já João Elvécio Faé (1997-1999) teve como meta a melhoria da competitividade das empresas. Para isso, investiu em treinamentos e no aperfeiçoamento dos profissionais. Ele também tinha o entendimento de que a qualidade do atendimento e da prestação do serviço eram determinantes para o sucesso do negócio. A Acaps se firma, assim, como entidade de suporte para o associado e passa a atuar como porta-voz do setor.

Quem assume a Acaps no final da década é Luiz Coelho Coutinho (1999 – 2002). A Lei de Precificação foi uma das grandes conquistas da sua gestão, assim como a aproximação com os poderes públicos em diferentes frentes e a presença em discussões importantes para a sociedade como a segurança pública. Foi na sua gestão também que o Estatuto da Acaps foi modernizado e as convenções anuais do setor supermercadista ganharam novo ritmo, com maior participação de empresários e profissionais.